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在知識產權運用方面，日本針對大學、企業等微觀主體的職能分別進行了規定，并對這些創新主體在知識產權戰略中的作用進行了區分:大學重流轉、企業重應用。強調大學等高科院所的技術轉移功能，在高校建立知識產權管理部門，促進高校知識產權成果的轉化、運用。與此對應，企業應戰略性地運用知識產權，將知識產權融入經營活動之中，從而獲得最大的收益，實現企業的最大價值，通過制定戰略性的計劃以在世界范圍內獲得和管理知識產權。日本在探索構建知識產權價值評估體系，增加知識產權信托和擔保融資等具體運用形式，公示企業運用知識產權業績情況，推進知識產權國際標準化，扶持中小企業運用知識產權等方面，取得了一定成效。
(1)日本知識產權運用情況
日本專利法第1條規定，該法的目的在于通過對發明的保護和運用，鼓勵發明，促進產業發展。可見，專利的運用與保護同等重要。通過運用受到保護的專利等知識產權可以進行商業化轉化，開發新產品和服務，獲取利潤;也可以通過直接轉讓知識產權獲得收入，將這些收益重新用于研發投資，完成整個知識產權價值鏈的良性循環。隨著日本知識產權創造和保護領域的體制機制的不斷完善，如何利用未使用的專利成為實施日本知識產權戰略的重大政策課題。
為促進中小企業的專利交易，日本專利局在全國范圍舉辦專利博覽會，并配備專利許可顧問，以供咨詢。據專利局工業產權信息數據，到2008年3月為止，日本政府派出近千名專利授權顧問，幫助簽訂10 672份專利合約，2008年登記的專利權轉讓協議約5 000件，在過去十年中翻了一番。
由于看重知識產權價值，近年來，日本金融機構也積極參與知識產權運用活動。2004年日本“信托法”修訂后，知識產權正式成為信托財產，目前已經出現了知識產權信托業務和以知識產權作為貸款抵押品的融資業務。至2008年3月，日本政策投資銀行的知識產權融資項目達310件，金額為210億日元。
知識產權交易也在逐漸增加，自2007年起，為促進對專利的運用和引進，日本在知識產權交易中，加強了對技術出讓方利益的保護，同時也引進對抗制度，防止過度保護。盡管日本政府不斷出臺政策促進知識產權運用，但是絕大多數日本企業卻并不認同。企業普遍認為知識產權只是為了保護企業自身利益而持有的，是防止競爭對手企業進入市場的一道屏障，并不認為專利本身可以做交易，原則上也不愿將自有專利授權給其他公司來賺取收入。在這方面，日本企業與美國企業有很大的區別。許多日本企業采取審慎態度的理由是:一，在專利流通過程中，如果管理不善，技術外泄，就等于作繭自縛;二，未使用的專利通常是企業在決定技術投資取向中失去競爭力的技術，企業也沒有多余的人力資源和設施去運用它，這種專利形同白紙，是否還有使用價值也值得懷疑;第三，許多企業認為，即使在開放式創新條件下，如果企業本身沒有強大的專利做后盾，也很難建立預想的合作關系，況且在他人的專利基礎上開發業務，將導致風險過高，因此，普遍維護重要的技術只能依靠自己的研發能力。

日本專利局對日本國內知識產權運用情況的調查結果顯示，2007年日本企業持有專利110萬件，企業自己采用的專利占40%，10%轉讓給其他企業，30%是用于防衛目的，剩下的20%為未使用專利，與此前的情況相當。沒有使用的專利占比近一半，除去用于防衛目的的專利，還剩下22萬件，占比近兩成。因此，從總體上看，日本企業對于運用知識產權持消極態度。
(2)知識產權流轉運用的重要性
當前，開放式創新日趨盛行，已經成為全球趨勢，對知識產權的轉讓運用也已是無可避免的事實。以新藥的案例最為典型。在制藥行業，存在以下原因使開放式創新無可避免:一是許多企業面臨資源枯竭問題，未來幾年內，大量藥品的專利過期，將減少藥品生產企業的經營收入;二是各國普遍加強對藥品的安全審查，延長了新藥發明時間，推動新藥的研發費用進一步增加，加大了研發中止的風險;三是研發的藥物類型已經從簡單的醫藥品發展為生物制藥，后者很難在避開第三方專利的情況下進行。為研發新藥，日本企業曾經耗資1萬億日元收購美國公司，還必須同時尋求與日本國內高校、擁有技術的企業建立合作伙伴關系。
除制藥行業外，為應對全球氣候變化等預計可能改變迄今為止的工業和社會結構的大型項目的實施也是如此。如電動汽車和使用IT技術的輸電、配電網絡———智能電網。目前，世界各地都在研發電動車，電動車所需的引擎和蓄電池需要用到傳統的汽車行業以外的新技術。盡管汽車行業一直采用自主研發的技術，但是為提高創新速度，可能外包電池技術的研發業務。在互聯網和IT行業，技術轉讓以技術模塊化的形式進行，這種趨勢已經進一步蔓延到汽車行業和生物技術領域。
(3)在知識產權運用問題上的爭議
盡管圍繞知識產權運用的情勢正在發生變化，可是在日本企業內部，三個部門———知識產權部門、研發部門、生產部門的意見互相掣肘。生產部門因為擔心實施技術轉讓，招致外部企業侵入，持反對意見;研發部門反對技術引進，研發部門由于雇用大量技術人員，因此主張依靠自身力量開發技術;知識產權部門忙于專利申請和簽約，不輕易發表意見。因此，是否采取開放式創新方式、是否啟動知識產權交易，需要企業高層管理人員加以判斷和決策。鑒于歐美企業已經明確宣布采用開放式創新政策，如兆豐藥業與寶潔公司共同實施的“聯合研發”策略，IBM的“生態專利共享計劃”等，有日本學者提出，許多傳統企業對出讓未使用的專利和開展專利許可持謹慎態度，可是考慮當前發展趨勢，企業應該采取更積極的態度，加強促進知識產權交易和運用的相關措施。
(4)促進知識產權運用的對策措施
從日本政府角度看，與其讓巨額研發投資產生22萬件休眠專利，不如盡可能運用它們產生新的產品，沒有企業希望將浪費投資在休眠專利上。專利的價值各不相同，公司每年獲得的專利中，既有市場價值高、壟斷性強的專利;也有弱于其他公司的專利。對于一個強有力的專利，企業會使用它。對于未納入公司經營戰略的弱專利，應當向其他企業開放，最大限度地發揮它的價值。企業要做到這一點，采用上面提到的自下而上的決策方式是不可行的，高層管理人員的決斷至關重要。為此，需要政府使用各種宣傳鼓勵措施敦促企業高管下定決心。企業對技術轉讓后果的擔心是有一定道理的。為解除企業后顧之憂，也需要政府參與支持，例如，參照美國的情況，對可能發生的糾紛進行理論分析，并商討如何運用專利法制度加以保護。此外，技術交易市場和中介機構對于順利開展專利轉讓或許可也是必不可少的，這也需要政府采取措施，降低交易成本。

(5)知識產權運用中存在的其他問題
①關于環保技術的知識產權運用
在環保技術的知識產權運用上，亞洲國家希望在有償原則的前提下，日本企業能夠積極進行環保技術轉讓。目前，有日本知識產權協會等民間組織正在制定向發展中國家轉讓環保技術的推廣計劃。該計劃提出，考慮到發展中國家的執行能力，在轉讓專利的同時，還需要提供包括技術訣竅、人才、設備在內的技術籃子，而該協會正在準備建立數據庫，確定提供給發展中國家的環保技術籃子里的封裝內容。這些項目的早日實施將對世界環境的改善作出貢獻。從知識產權戰略角度看，在海外推廣日本先進的環保技術是有益的。首先，可以推動日本企業運用知識產權技術，并通過技術轉讓在海外尋找新的業務機會;其次，在環保技術領域的國際標準方面，日本企業也可以先行一步;第三，有助于打消發展中國家對知識產權制度保持的警惕感。當然整個過程中，還是需要日本政府積極參與、適當支持。
②中小企業的知識產權運用問題
較之大企業，日本中小企業在知識產權運用上，面臨許多挑戰。日本制造業中小企業大多擁有優良的技術技能，但是往往不關心專利和商標等知識產權問題。企業研發了創新技術，卻不申請專利，如果在市場競爭中，遭遇資本實力雄厚、銷售渠道多元化的企業，往往處于劣勢。有的企業雖然獲得專利，但是難以負擔包括律師費在內的權利行使費用，在實踐中的權益也很難得到保障。為了改善這種狀況，日本學者提出政府應考慮減免有關知識產權申請和審查的基本費用。減免程度參考美國的體例;最好采取統一的、簡化的、按程序操作的減免手續，不需要行政人員審查提交材料，更方便中小企業使用。
在反侵權措施方面，日本一些地方政府的做法是由商工會議所為其會員企業管理、運用知識產權，實施如以專利為標的辦理銀行信托、咨詢銀行的法律顧問等業務。針對侵犯中小企業知識產權的案例，日本學者建議由政府管理知識產權的相關機構對中小企業的知識產權進行統一管理，監督權利行使。對于侵權訴訟中的雙重標準問題，建議在減輕中小企業負擔的前提下，探討必要的補救措施。
③關于“職務發明”相關規定的爭議
對日本專利法第35條關于“職務發明”相關規定的爭議，2000年前后，曾出現大量訴訟案，都是關于企業研究人員和在職人員要求企業給予其發明以合理賠償的。典型案例是在藍色發光二極管的訴訟中，一審判決企業支付發明者個人200億日元。以此為契機，提出的修正案自2004年起沿用至今。在日本目前的職務發明訴訟中，舊的法律規定依然適用于條文修訂前的發明。對于修改后的提案，日本企業給予的評價較低，理由包括諸如可預見性差、別無他例、訴訟帶來管理風險等。日本企業認為第35條的存在對外國直接投資造成了負面影響，許多外國大型研究所如諾華制藥、葛蘭素史克、輝瑞、默克由此關閉了在日本的駐在機構，轉向在上海和新加坡的科技園內設置分支機構。日本企業認為這些國家的規定比任由當事人之間協商的日本方式更具透明性。如中國專利法規定，對于職務發明專利，所有權原則上歸企業，對發明的雇員個人給予合理數額的收入比例。日本學者指出，隨著全球化進程的加快，知識產權制度應與國際接軌，挫傷企業積極性的制度不利于提高企業競爭力。

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日本知識產權戰略運用環節